Była wybitnym pedagogiem, pisarką i działaczką społeczną zaangażowaną w zapobieganie przemocy wobec dzieci i wszelkim formom ich krzywdzenia.
Przez wiele lat jako dyrektor zespołu ognisk wychowawczych, kontynuowała, w twórczy sposób pracę nestora polskiej pedagogiki opiekuńczej Kazimierza Lisieckiego „Dziadka”. Wypracowała model placówki opiekuńczo -wychowawczej, przeciwdziałającej sieroctwu społecznemu i wzmacniającej więzi dziecka ze znaczącymi osobami.
Przywiązywała dużą wagę do profesjonalizacji zawodu wychowawcy, stale doskonaląc kadrę ognisk i zachęcając do rozwoju zawodowego. Zwracała przy tym uwagę, że profesja ta wymaga interdyscyplinarnej wiedzy.
Zebrane w tym czasie doświadczenia pedagogiczne i rozwiązania wprowadzane w innowacyjnych ogniskach podsumowała w książce naukowej, zarazem pierwszym tego typu podręczniku Jak pracować z dzieckiem i rodziną zagrożoną.
Była prekursorką podejścia określanego później jako „refleksyjna praktyka pedagogiczna”. Analizując trudne sytuację wychowanków, przechodziła od przypadku konkretnego dziecka do diagnozy ogólnego problemu a następnie propozycji rozwiązań systemowych, w tym niezbędnych zmian w przepisach prawnych.
Odegrała aktywna rolę w zainicjowaniu przez Polskę Konwencji Praw Dziecka. Była współzałożycielką Komitetu Ochrony Praw Dziecka i Towarzystwa Pomocy Młodzieży.
W pracy z młodzieżą starszą wprowadziła oryginalna metodę „wychowania do pomocy”, wykorzystując książki z adresem opisujące problemy młodych osób, a także założony przez siebie „Korespondencyjny Klub Czytelników” promujący pomoc rówieśniczą w ich rozwiązywaniu i wakacyjne obozy członków KKC.
Pierwsza podniosła kwestię ochrony sfery emocjonalnej małego dziecka, podejmując w tej sprawie wiele interwencji i poświęcając jej książki „Samotność dziecka” oraz „Elementarz wychowania małego dziecka”.
Stworzyła „Pedagogikę Serca” – nowatorski nurt wychowania dzieci i młodzieży, akcentujący rolę więzi emocjonalnych, uczuć wyższych i empatii. O randze tej koncepcji świadczy to, że została odnotowana w polskiej Encyklopedii Pedagogicznej XXI w.
Wspólnie z Akademią Pedagogiki Specjalnej zainicjowała działania zmierzające do powołanie Komitetu Upowszechnienia Wychowania Emocjonalnego.
Z licznych inicjatyw Marii Łopatkowej warto wspomnieć o takich jak: dom matki i dziecka dla więźniarek z małymi dziećmi, korespondencja z więźniami w formule „resocjalizacji na odległość”, pogotowie rodzinne dla ofiar przemocy domowej, wprowadzenie pedagogów społecznych do domów dziecka, szpitale dziecięce otwarte dla rodziców, ognisko wspierania rodzin zastępczych, szkoła drugiej szansy dla młodzieży z załamaną linią szkolną, wczasy rodzinne z pedagogiem, a także różne formy wychowania przez sztukę jak: dziecięcy teatr pantonimy, galerię sztuki dziecka, czy młodzieżowy Klub Działań Twórczych.
Jako senator w latach 1993-1997 podejmowała liczne interwencje w sprawach dzieci w senackiej Komisji Nauki i Edukacji Narodowej Sejmu RP II kadencji, występując np. o zastąpienie kategorii „władzy rodzicielskiej” „pieczą rodzicielską”.
Wśród licznych odznaczeń otrzymała na wniosek dzieci Order Uśmiechu, była też członkinią Międzynarodowej Kapituły Orderu Uśmiechu.
