Lata okupacji 1939-44 były okresem eksterminacji ludności żydowskiej w Dubience i jej okolicach. Na początku okupacji Niemcy dokonali masowych mordów Żydów. Zabito wówczas 54 osoby. W roku 1942 hitlerowcy wywieźli z miejscowego getta do obozu zagłady w Sobiborze 2670 osób, a pozostałych w dniu 19 października 1942 roku rozstrzelali na miejscowym Kirkucie. W latach 1942-43 okupant podjął masową akcję wysiedlenia ludności Zamojszczyzny. W dniu 19 stycznia 1943 roku z terenu naszej gminy wysiedlono 8 wsi (co stanowi 753 osoby).
Niemcy pozwolili na funkcjonowanie szkoły w oparciu o specjalne programy, bez podręczników, usuwając z nich lekcje historii i geografii. W archiwum szkolnym z tego okresu znajdują się niekompletne arkusze ocen, wykonywane odręcznie przez nauczycieli. Były one odwzorowywane z wielką starannością z arkuszy przedwojennych. Z fragmentarycznych danych wynika, iż w roku szkolnym 1943/44 w klasie II uczyło się 74 uczniów (w tym promowano 54, pozostało na drugi rok 20) Natomiast w klasie V uczyło się 31 uczniów, a promowano 21.
W czasie okupacji nauczyciele Dubienki, podobnie jak w wielu szkołach Generalnej Guberni, prowadzili tajne nauczanie. Za tę działalność oświatową i wychowawczą w organizacji Szarych Szeregów zostali aresztowani: kierownik szkoły Andrzej Polaszek oraz opiekun drużyny Edward Szubartowski. Obaj zostali zamordowani w obozie koncentracyjnym.
Okupacja pozostawiła po sobie bezmiar klęsk, ruin i zgliszcz. W samej Dubience spłonęło 170 zabudowań, z czego około 50% stanowiły budynki mieszkalne. Niemcy wymordowali ponad połowę mieszkańców. W 1944 roku w Dubience mieszkało 1987 osób. Źródła podają, że przed wybuchem wojny miasto liczyło około 5 tysięcy mieszkańców.
Nowa, powojenna rzeczywistość oświatowa Dubienki zaczyna się od 1944. Pierwszym kierownikiem szkoły został Stanisław Rogulski. Przyjmowano uczniów do poszczególnych klas na podstawie zachowanych świadectw oraz przeprowadzanych egzaminów komisyjnych, badających wiedzę z poszczególnych przedmiotów. W archiwum znajdują się liczne protokoły z tych egzaminów.
W roku szkolnym 1944/45 siedmioklasowa szkoła w Dubience liczyła 269 uczniów:
Kl. I – 60 uczniów
Kl. II – 44
Kl. III – 40
Kl. IV – 39
Kl. V – 35
Kl. VI – 36
Kl. VII – 15
Jak widać nie był realizowany w pełni obowiązek szkolny przez młodzież klas najstarszych.
Powodów było wiele, a jednym z nich było wczesne podejmowanie pracy zarobkowej.
W roku szkolnym 1971-72 kierownikiem szkoły został Henryk Ślązak. Grono nauczycielskie stanowili wówczas: Buczek Zygfryd, Medecki Marian, Medecka Danuta, Ślązak Krystyna, Piątek Elżbieta, Kańska Jadwiga, Zelent Wiesława, Kuźnicka Teresa, Jaszczuk Maria, Turewicz Stanisław, Kościuk Tadeusz.
Do 1974 roku zajęcia lekcyjne odbywały się w 4 budynkach:
1) Budynek główny – 4 sale lekcyjne i mieszkanie kierownika szkoły,
2) Budynek w parku – 2 izby lekcyjne i biblioteka szkolna,
3) Budynek przy ul. Kościuszki – 1 sala lekcyjna (tu także znajdowało się przedszkole),
4) Sala – pracowania zajęć praktyczno-technicznych w budynku Urzędu Gminy.
Jak widać były to trudne warunki lokalowo-organizacyjne do nauki i pracy uczniów, nauczycieli i obsługi. Zmieniły się one radykalnie dopiero w połowie lat 70-tych.
